但目前來看，工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖技術(shù)和系統(tǒng)的推廣還存在以下問題：是基礎(chǔ)建設(shè)成本高，投入大?，F(xiàn)在采用循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)的企業(yè)大多數(shù)為具有一定規(guī)模，技術(shù)力量和實(shí)力較為雄厚的養(yǎng)殖企業(yè)，而對大部分小本經(jīng)營的養(yǎng)殖戶（單位）來說是可望而不可即，這也使循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)和技術(shù)的大范圍推廣受到了制約。部分工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)由于設(shè)計(jì)存在問題或其他一些人為原因，運(yùn)行不充分或運(yùn)行效率較低，影響了工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖的總體水平，節(jié)水節(jié)能技術(shù)路線有待進(jìn)一步探討、完善。
工廠化循環(huán)水從水處理的側(cè)重點(diǎn)不同分為機(jī)械模式和生化模式，主要區(qū)別就是看能耗大小，本文所講的是生化模式。這個(gè)模式能否成功，與虹吸能否順利運(yùn)行有直接關(guān)系，虹吸設(shè)備需要時(shí)常維護(hù)否則會(huì)莫名其妙的失效。有人說：我都準(zhǔn)備投入了30萬，你告我天天還得維護(hù)，這是搞毛線?。亢缥〉脑?，整個(gè)系統(tǒng)視養(yǎng)殖密度在兩天到四天以內(nèi)崩潰----魚蝦死光光。工廠化循環(huán)水系統(tǒng)的重點(diǎn)是凈水系統(tǒng)，占比50%；生物習(xí)性占30%；其他的溶氧恒溫等條件的占比20%。
水體的鹽度和硬度都能達(dá)到飽和進(jìn)而析出，所以必須在系統(tǒng)內(nèi)部放置植物?？梢栽谒w內(nèi)放置水葫蘆、空心菜、浮萍等，也可以在硝化池種蔬菜比如西紅柿樹、地瓜樹、西瓜、土豆，矮化的果樹也是可以的。在水池內(nèi)放置水葫蘆則需要注意不能被魚吃掉了。這樣植物還會(huì)遮光，避免魚被日光照射，同時(shí)還能收獲大量蔬菜和魚食。整個(gè)系統(tǒng)是需要日光的，一來是植物光合作用消耗肥水無機(jī)鹽，再就是給水體加溫，應(yīng)盡可能的加大日光采集。