循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)難點(diǎn)是解決氮循環(huán)的問題，要消除氨氮和亞硝/酸氮的影響。傳統(tǒng)的解決方案是在循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)中加入了反硝化反應(yīng)池，但由于反硝化作用需要在嚴(yán)格厭氧條件下進(jìn)行，因此硝化作用反應(yīng)池需要跟反硝化作用反應(yīng)池分開，這就增加了循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)的成本。前循環(huán)水養(yǎng)殖設(shè)備已實現(xiàn)工廠化生產(chǎn)，實現(xiàn)養(yǎng)殖池與養(yǎng)殖凈化設(shè)備的無縫連接。通過一系列的物理過濾、化學(xué)沉淀以及通過微生物的作用去除氨氮、硝氮和亞硝氮再通過殺菌消毒、充氧等操作，水體重新流回到循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)中，實現(xiàn)養(yǎng)殖水的循環(huán)利用。
養(yǎng)殖過程中產(chǎn)生的殘餌、糞便，有部分無法通過換水排出而吸附在池壁池底。洗池對于排出養(yǎng)殖池底的污物有一定效果。無死角的養(yǎng)殖池形狀結(jié)合向中央傾斜的池底和中央排污方式，可以有效的排出池底污物。當(dāng)同一個養(yǎng)魚池中魚的大小、強(qiáng)弱不一時，會嚴(yán)重影響魚的生長速度，因而，養(yǎng)殖過程中必須按時進(jìn)行大小分選。魚的大小分選不僅可以防止互殘（半滑舌鰨的互殘的情況很少發(fā)生），而且便于進(jìn)行管理，尤其是幼魚，幼魚生長比較快，分選和不分選，幼魚的生長、死亡率和餌料的利用率相差很大。但要盡可能減少分養(yǎng)次數(shù)，過多次數(shù)的分養(yǎng)會使魚體受傷，增加魚的應(yīng)激反應(yīng)。
蝦苗選擇的關(guān)鍵是選用健康、無特定疫病的蝦苗，肉眼觀測大小整齊，體長0.6厘米左右。蝦苗應(yīng)活潑健壯，無病弱苗和死苗，溯水能力強(qiáng)，體色透明，不發(fā)紅，肝心區(qū)黑褐色。取蝦苗試養(yǎng)1～2天，死亡率不應(yīng)大于5%。有條件者可取50尾蝦苗，送有關(guān)部門進(jìn)行病毒檢測，選用不帶白斑綜合癥病毒病之蝦苗。夏威夷購進(jìn)的第1代SPF親蝦繁育蝦苗更為適合。