在藻類生長(zhǎng)所需的大量元素中，磷、氮通常是水體浮游植物增長(zhǎng)的限制性因子，總氮大于1.2毫克/升、總磷大于0.11毫克/升時(shí)水體開始富營(yíng)養(yǎng)化，在淡水中當(dāng)總磷小于0.1毫克/升時(shí)藻類生長(zhǎng)發(fā)展為磷限制。而過(guò)高的磷輸入如總磷為1.65毫克/升，并不能促進(jìn)藻類生長(zhǎng)。要培養(yǎng)出養(yǎng)殖所需要的有益藻、抑制藍(lán)藻、裸藻等有害藻，我們需要重點(diǎn)關(guān)注一些化學(xué)指標(biāo)，總堿度、硬度、鹽度、氮、磷、碳以及微量元素鈣、鐵、錳、鋅等有可能成為限制性因子的指標(biāo)。池塘中的有機(jī)質(zhì)含量可通過(guò)檢測(cè)水中有機(jī)耗氧量得知，水中有機(jī)質(zhì)含量高，氮磷的含量也會(huì)高，在降氨氮同時(shí)可以降低水體有機(jī)質(zhì)含量。
生化模式凈水主要是靠硝化細(xì)菌，硝化細(xì)菌從無(wú)到有這個(gè)過(guò)程俗稱掛膜。硝化細(xì)菌掛膜需要濾材（細(xì)菌屋）；硝化細(xì)菌屬于好氧細(xì)菌，因此需要氧氣；硝化細(xì)菌繁殖還需要養(yǎng)分，也就是魚糞。再滿足上訴三個(gè)情況下，保持25度水溫，硝化細(xì)菌從無(wú)到有需要將近35天，15度水溫情況下需要50天或者更久，這個(gè)過(guò)程叫冷啟動(dòng)。想快速啟動(dòng)，可以使用液體硝化細(xì)菌，或者添加一些其他已經(jīng)掛膜的濾材進(jìn)來(lái)進(jìn)行引菌，這個(gè)過(guò)程叫熱啟動(dòng)。海水系統(tǒng)應(yīng)為高鹽度的問(wèn)題，自然掛膜時(shí)間比淡水系統(tǒng)要長(zhǎng)一倍以上，時(shí)間也隨鹽度升高而延長(zhǎng)。
工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)中溶解氧是非常重要的，溶解氧是養(yǎng)殖動(dòng)物氧氣需求的來(lái)源，是養(yǎng)殖動(dòng)物生存及正常生理活動(dòng)的根本保證。溶解氧可以氧化殘留有機(jī)質(zhì)跟水體及池底的有害物質(zhì)，有利于耗氧性微生物生長(zhǎng)繁殖，促進(jìn)有機(jī)物降解，減少有毒、有害物質(zhì)的作用，抑制厭氧微生物的活動(dòng)。總而言之，溶解氧對(duì)于水產(chǎn)養(yǎng)殖，是一個(gè)重要的因素之一。在養(yǎng)殖中，偶爾會(huì)存在溶解氧不足的情況，溶氧不夠無(wú)法提高產(chǎn)量甚至?xí)绊懰|(zhì)，這時(shí)我們就必須為養(yǎng)殖水里增氧。增氧的方式有很多種，常見(jiàn)的有羅茨風(fēng)機(jī)、高壓風(fēng)機(jī)、液氧罐、制氧機(jī)等等。