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二代測序——蛋白質甲基化

概念及位置：蛋白質甲基化是指在蛋白質的氨基酸殘基上添加甲基基團。常見的甲基化修飾位點包括精氨酸（Arg）和賴氨酸（Lys）殘基。

作用

1、調節(jié)蛋白質 - 蛋白質相互作用：例如，組蛋白（染色體的組成成分）的甲基化可以改變染色質的結構和功能，影響基因的可及性。當組蛋白 H3 的賴氨酸殘基（如 H3K4、H3K9 等）發(fā)生甲基化時，會招募不同的蛋白質復合物，從而***或抑制基因轉錄。2、調節(jié)酶的活性：某些酶的活性可以通過蛋白質甲基化來調節(jié)。甲基化可能改變酶的活性中心的結構或者影響其與底物的結合能力。

檢測方法：質譜分析：這是一種***用于檢測蛋白質甲基化的方法。它能夠精確地確定蛋白質分子的質量，通過比較甲基化和未甲基化蛋白質的質譜圖，可以鑒定甲基化位點和修飾程度。 二代測序常用于醫(yī)學篩查或診斷。內蒙古嘉安健達二代測序公司

二代測序技術的一些***研究進展②

植物基因組學研究領域 ：

花生四倍體野生種基因組測序：河南農業(yè)大學殷冬梅教授團隊和上海交通大學韋朝春教授團隊聯(lián)合發(fā)布了花生四倍體野生種近乎完整基因組 amon2.0 版本。該研究結合 ONT 超長讀段、二代測序和 Hi-C 等多種測序技術，使基因組的連續(xù)性、完整性和準確性都得到了顯著提高，為花生的遺傳馴化和分子育種提供了重要的基因組數(shù)據(jù)信息資源。

長雄野生稻基因組解析：中科院昆明動物所王文研究組與云南省農科院糧食作物研究所胡鳳益研究組等中外機構合作，利用二代測序技術成功組裝出高質量的長雄野生稻基因組，并對其與近緣物種的分歧時間、基因的收縮擴張等進行了分析，還鑒定出一批可能影響地下莖以及自交不親和性狀的候選基因及代謝途徑，為解析相關分子機制提供了重要線索。 寧夏二代測序分析RNA測序也是二代測序。

二代測序——轉錄組測序的實驗流程（上）

樣本采集和 RNA 提取

樣本采集需要考慮研究目的和樣本類型。例如，研究**組織的轉錄組，就要準確獲取**組織樣本，同時比較好有對應的正常組織作為對照。RNA 提取方法有多種，常用的如 Trizol 法，它可以有效地從細胞或組織中提取總 RNA，包括 mRNA、rRNA 和 tRNA 等。提取后的 RNA 質量至關重要，需要通過瓊脂糖凝膠電泳或專門的 RNA 質量檢測儀器來評估 RNA 的完整性和純度。

RNA 質量檢測和定量

完整性方面，通常使用 RNA 完整性指數(shù)（RIN）來衡量。RIN 值越高（一般認為 RIN > 7 是高質量 RNA），說明 RNA 完整性越好。定量方法主要有紫外分光光度法和熒光定量法。紫外分光光度法可以通過測量 RNA 在 260nm 和 280nm 處的吸光度比值來估計 RNA 純度，比值在 1.8 - 2.0 之間表示純度較好。熒光定量法則是使用專門的熒光染料（如 Qubit）來更準確地測量 RNA 濃度。

文庫構建

首先要進行mRNA富集，一般使用帶有poly-T的磁珠來特異性地捕獲mRNA，因為真核生物mRNA的3'端都有poly-A尾巴。然后將mRNA反轉錄為cDNA，再通過超聲或酶切等方法將cDNA片段化，片段大小通常在幾百個堿基對左右。之后在片段兩端連接上測序接頭，經過PCR擴增來增加文庫的量，使其達到可以上機測序的要求。

什么樣本可以做二代測序？①

1、血液樣本

全血：這是最常見的樣本類型之一。血液中含有白細胞，其細胞核內有完整的基因組DNA。通過提取白細胞中的DNA，可以進行全基因組測序、全外顯子組測序等。例如，在遺傳病的基因診斷中，抽取患者的全血，提取DNA后，對與疾病相關的基因或整個外顯子組進行測序，以尋找致病突變。

血漿/血清：其中含有游離的DNA（cfDNA）和RNA（cfRNA）。在**患者中，腫瘤細胞會釋放其DNA片段進入血液循環(huán)，這些cfDNA被稱為循環(huán)**DNA（ctDNA）。通過對血漿中的ctDNA進行測序，可以實現(xiàn)**的早期篩查、***過程中的動態(tài)監(jiān)測等。例如，對于肺*患者，檢測血漿中的ctDNA來追蹤**的基因突變情況，為靶向***提供依據(jù)。 二代測序即高通量測序技術。

二代測序——實驗流程類問題

二代測序的實驗流程包括哪些步驟：首先是樣本準備，提取高質量的DNA或RNA，并進行片段化處理；然后進行文庫構建，在片段兩端連接特定接頭；接著進行文庫質量檢測和定量，合格的文庫上機測序；***對測序得到的原始數(shù)據(jù)進行生物信息學分析，包括數(shù)據(jù)過濾、比對、變異檢測等。文庫構建的關鍵步驟和注意事項有哪些：關鍵步驟包括DNA片段化的程度控制、接頭連接的效率和特異性、文庫的純化和定量等。需要注意避免樣本的污染，確保片段化的均勻性，優(yōu)化接頭連接反應條件，以及準確地進行文庫定量，以保證文庫的質量和測序結果的準確性。 二代測序的優(yōu)勢是高靈敏度。山東二代測序原理

二代測序廣泛應用于基因組學研究。內蒙古嘉安健達二代測序公司

二代測序的建庫步驟②

二、片段化處理

物理方法：超聲破碎是常用的物理片段化方法。它通過超聲波的高頻振動將核酸分子打斷成合適大小的片段。例如，在一些文庫構建中，將DNA樣本置于超聲破碎儀中，通過調整超聲功率和時間，可以將DNA片段化到幾百堿基對（bp）的長度范圍，一般在150-300bp左右，這符合二代測序的讀長要求。超聲破碎的優(yōu)點是片段大小比較均勻，但操作需要優(yōu)化超聲參數(shù)，否則可能會導致過度破碎或片段大小不一致。

酶切方法：利用限制性內切酶進行片段化。限制性內切酶能夠識別特定的DNA序列，并在這些序列處切割DNA。例如，用EcoRⅠ酶可以識別GAATTC序列并進行切割。通過選擇合適的限制性內切酶組合，可以將DNA切割成期望大小的片段。不過，這種方法的局限性在于酶切位點的限制，可能無法獲得理想的片段大小分布，而且可能會引入酶切偏好性。 內蒙古嘉安健達二代測序公司