廣東二代測序公司

二代測序——轉(zhuǎn)錄組測序的背景和基本原理

1、背景：在基因表達過程中，DNA 轉(zhuǎn)錄為 RNA，轉(zhuǎn)錄后的 RNA 會經(jīng)過一系列加工，包括剪接等過程形成成熟的 mRNA，然后進行翻譯產(chǎn)生蛋白質(zhì)。轉(zhuǎn)錄組測序可以讓我們在全基因組范圍內(nèi)研究基因的表達情況，相比于傳統(tǒng)的基因表達研究方法（如芯片技術(shù)），它具有更高的分辨率和更廣的檢測范圍。

2、原理：首先從樣本（如細胞、組織）中提取總 RNA，然后將 RNA 反轉(zhuǎn)錄為 cDNA（互補 DNA）。這些 cDNA 會構(gòu)建測序文庫，在文庫中加入特定的接頭序列，以便后續(xù)在測序平臺上進行測序。測序過程中，測序儀會讀取 cDN**段的堿基序列信息。通過生物信息學(xué)分析，將這些短序列（reads）比對到參考基因組或進行從頭組裝（如果沒有參考基因組），從而確定轉(zhuǎn)錄本的序列和表達量。 一代、二代、三代測序的區(qū)別是什么？廣東二代測序公司

二代測序——甲基化的定義和概念

定義：甲基化（methylation）是指從活性甲基化合物（如S-腺苷基甲硫氨酸）上將甲基催化轉(zhuǎn)移到其他化合物的過程。在生物系統(tǒng)中，這是一種常見的化學(xué)修飾方式，主要涉及在DNA、RNA和蛋白質(zhì)等生物大分子上添加甲基基團。

DNA甲基化

概念及位置：DNA甲基化主要是在DNA甲基轉(zhuǎn)移酶（DNAmethyltransferase，DNMT）的作用下，將甲基基團添加到DNA分子中的特定堿基上，最常見的是在CpG島（富含CpG二核苷酸的區(qū)域，CpG是指胞嘧啶-鳥嘌呤的堿基對）的胞嘧啶（C）的5’碳位上添加甲基。 新疆二代測序檢測二代測序通量大，可以產(chǎn)生上G的reads.

一代、二代、三代測序的區(qū)別分別是什么？

一代測序是上世紀(jì)70年代由Sanger和Coulson開創(chuàng)的DNA雙脫氧鏈終止法測序，也稱為Sanger測序。

二代測序技術(shù)(NGS)是為了改進一代測序通量過低的問題而出現(xiàn)的，能夠同時對上百萬甚至數(shù)十億個DNA分子進行測序?qū)崿F(xiàn)了大規(guī)模、高通量測序的目標(biāo)。

三代測序主要有兩種技術(shù)PacBio公司的SMRT和Oxford Nanopore 的納米孔單分子測序技術(shù)，這兩種技術(shù)的測序讀長都可以達到幾-kb的級別，遠遠高于二代測序技術(shù)。

什么樣本可以做二代測序？③

細胞樣本

培養(yǎng)細胞：包括各種原代培養(yǎng)細胞和細胞系。在基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)研究中，對培養(yǎng)的細胞進行測序可以了解細胞的基因特征和功能變化。例如，在研究細胞信號轉(zhuǎn)導(dǎo)通路時，對經(jīng)過特定刺激處理的培養(yǎng)細胞進行轉(zhuǎn)錄組測序，以分析基因表達的上調(diào)或下調(diào)情況。

脫落細胞：如痰液中的脫落細胞、尿液中的脫落細胞等。這些細胞可以用于某些疾病的篩查。例如，在肺*篩查中，對痰液中的脫落細胞進行基因檢測，通過二代測序?qū)ふ曳?相關(guān)的基因突變，作為一種非侵入性的檢測方法。 二代測序結(jié)果怎么分析？

二代測序的應(yīng)用領(lǐng)域有哪些？

基因組學(xué)研究：用于全基因組測序，快速獲取物種的基因組序列信息，研究基因組結(jié)構(gòu)、變異、進化等；進行全外顯子組測序，重點關(guān)注編碼蛋白質(zhì)的外顯子區(qū)域，發(fā)現(xiàn)與疾病相關(guān)的基因突變。

轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究：通過對轉(zhuǎn)錄組進行測序，可分析基因的表達水平、可變剪接、新轉(zhuǎn)錄本發(fā)現(xiàn)等，有助于深入了解基因在不同生理和病理狀態(tài)下的表達調(diào)控機制。

疾病診斷與***：在遺傳病診斷中，能夠檢測出導(dǎo)致遺傳病的基因突變，為疾病的診斷、遺傳咨詢和產(chǎn)前診斷提供依據(jù)；在**研究中，可分析腫瘤細胞的基因突變、拷貝數(shù)變異、基因融合等，為**的早期診斷、靶向***和預(yù)后評估提供支持。

藥物研發(fā)：用于藥物靶點的發(fā)現(xiàn)和驗證，通過分析疾病相關(guān)的基因變異和表達變化，確定潛在的藥物作用靶點；還可進行藥物基因組學(xué)研究，預(yù)測患者對藥物的反應(yīng)和不良反應(yīng)，實現(xiàn)個體化藥物***。

微生物學(xué)研究：對微生物群落進行宏基因組測序，無需培養(yǎng)即可分析微生物的種類、豐度和功能基因，了解微生物群落的結(jié)構(gòu)和動態(tài)變化，研究微生物與宿主的相互作用，以及在環(huán)境科學(xué)、農(nóng)業(yè)、醫(yī)學(xué)等領(lǐng)域的應(yīng)用

二代測序廣泛應(yīng)用于個性化醫(yī)學(xué)。重慶哪里有二代測序檢測

二代測序是為了改進一代測序通量過低的問題而出現(xiàn)的。廣東二代測序公司

②二代測序一般多久出結(jié)果？

2、測序平臺和通量

不同的二代測序平臺有不同的通量（一次能測序的樣本數(shù)量和數(shù)據(jù)量）和測序速度。一些高通量的測序平臺，如IlluminaNovaSeq系列，能夠在較短時間內(nèi)產(chǎn)生大量的數(shù)據(jù)。但如果使用的是通量較低的小型測序儀，或者測序儀的運行時間被多個項目分配，都會影響結(jié)果產(chǎn)出的時間。例如，在高通量平臺上進行全基因組測序，測序運行時間可能在2-7天左右，具體取決于測序深度等因素。而對于一些小型臺式測序儀進行靶向基因測序，運行時間可能在1-3天。 廣東二代測序公司