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二代測(cè)序——蛋白質(zhì)甲基化
概念及位置:蛋白質(zhì)甲基化是指在蛋白質(zhì)的氨基酸殘基上添加甲基基團(tuán)。常見(jiàn)的甲基化修飾位點(diǎn)包括精氨酸(Arg)和賴氨酸(Lys)殘基。
作用
1、調(diào)節(jié)蛋白質(zhì) - 蛋白質(zhì)相互作用:例如,組蛋白(染色體的組成成分)的甲基化可以改變?nèi)旧|(zhì)的結(jié)構(gòu)和功能,影響基因的可及性。當(dāng)組蛋白 H3 的賴氨酸殘基(如 H3K4、H3K9 等)發(fā)生甲基化時(shí),會(huì)招募不同的蛋白質(zhì)復(fù)合物,從而***或抑制基因轉(zhuǎn)錄。2、調(diào)節(jié)酶的活性:某些酶的活性可以通過(guò)蛋白質(zhì)甲基化來(lái)調(diào)節(jié)。甲基化可能改變酶的活性中心的結(jié)構(gòu)或者影響其與底物的結(jié)合能力。
檢測(cè)方法:質(zhì)譜分析:這是一種***用于檢測(cè)蛋白質(zhì)甲基化的方法。它能夠精確地確定蛋白質(zhì)分子的質(zhì)量,通過(guò)比較甲基化和未甲基化蛋白質(zhì)的質(zhì)譜圖,可以鑒定甲基化位點(diǎn)和修飾程度。 二代測(cè)序常用于醫(yī)學(xué)篩查或診斷。重慶嘉安健達(dá)二代測(cè)序價(jià)格
二代測(cè)序——轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的應(yīng)用領(lǐng)域
1、基礎(chǔ)生物學(xué)研究:可以用于研究生物的發(fā)育過(guò)程。例如,在胚胎發(fā)育過(guò)程中,通過(guò)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序可以了解不同階段胚胎細(xì)胞中基因的表達(dá)變化,揭示胚胎發(fā)育的分子機(jī)制。還可以用于物種進(jìn)化研究,比較不同物種間轉(zhuǎn)錄組的差異,推斷基因表達(dá)的進(jìn)化模式。
2、醫(yī)學(xué)研究和臨床診斷:在疾病研究方面,用于尋找疾病相關(guān)的生物標(biāo)志物。例如,在**研究中,通過(guò)對(duì)比**組織和正常組織的轉(zhuǎn)錄組,可以發(fā)現(xiàn)一些在**中特異性高表達(dá)或低表達(dá)的基因,這些基因有望成為**診斷、預(yù)后判斷的標(biāo)志物。同時(shí),也可以用于藥物研發(fā),通過(guò)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序了解藥物作用后細(xì)胞基因表達(dá)的變化,評(píng)估藥物療效和毒性。
3、農(nóng)業(yè)和植物學(xué)研究:在作物育種中,可以研究不同品種作物在抗逆性(如抗旱、抗寒、抗?。┑确矫娴幕虮磉_(dá)差異,為培育優(yōu)良品種提供理論依據(jù)。在植物生長(zhǎng)發(fā)育研究中,分析植物在不同生長(zhǎng)環(huán)境和生長(zhǎng)階段的轉(zhuǎn)錄組變化,了解植物***等因素對(duì)植物生長(zhǎng)的調(diào)控機(jī)制。 廣西二代測(cè)序二代測(cè)序即高通量測(cè)序技術(shù)。
關(guān)于二代測(cè)序的簡(jiǎn)介:
二代測(cè)序技術(shù)(Next-Generation Seguencing,NGS)也稱為高通量測(cè)序技術(shù),是一種能夠同時(shí)對(duì)數(shù)百萬(wàn)甚至數(shù)十億個(gè) DNA片段進(jìn)行測(cè)序的方法。與傳統(tǒng)的桑格測(cè)序相比二代測(cè)序技術(shù)具有高通量、高準(zhǔn)確性、高靈敏度和低成本等優(yōu)勢(shì)。
二代測(cè)序技術(shù)在大幅提高了測(cè)序速度的同時(shí),大幅度的降低了測(cè)序成本,保持了高準(zhǔn)確性,以前完成一個(gè)人類基因組的測(cè)序需要3年時(shí)間,而使用二代測(cè)序技術(shù)則需要1周,但其序列讀長(zhǎng)方面比起一代測(cè)序技術(shù)則要短很多,大多只100bp-150bp。
二代測(cè)序——轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的實(shí)驗(yàn)流程(上)
樣本采集和 RNA 提取
樣本采集需要考慮研究目的和樣本類型。例如,研究**組織的轉(zhuǎn)錄組,就要準(zhǔn)確獲取**組織樣本,同時(shí)比較好有對(duì)應(yīng)的正常組織作為對(duì)照。RNA 提取方法有多種,常用的如 Trizol 法,它可以有效地從細(xì)胞或組織中提取總 RNA,包括 mRNA、rRNA 和 tRNA 等。提取后的 RNA 質(zhì)量至關(guān)重要,需要通過(guò)瓊脂糖凝膠電泳或?qū)iT的 RNA 質(zhì)量檢測(cè)儀器來(lái)評(píng)估 RNA 的完整性和純度。
RNA 質(zhì)量檢測(cè)和定量
完整性方面,通常使用 RNA 完整性指數(shù)(RIN)來(lái)衡量。RIN 值越高(一般認(rèn)為 RIN > 7 是高質(zhì)量 RNA),說(shuō)明 RNA 完整性越好。定量方法主要有紫外分光光度法和熒光定量法。紫外分光光度法可以通過(guò)測(cè)量 RNA 在 260nm 和 280nm 處的吸光度比值來(lái)估計(jì) RNA 純度,比值在 1.8 - 2.0 之間表示純度較好。熒光定量法則是使用專門的熒光染料(如 Qubit)來(lái)更準(zhǔn)確地測(cè)量 RNA 濃度。
文庫(kù)構(gòu)建
首先要進(jìn)行mRNA富集,一般使用帶有poly-T的磁珠來(lái)特異性地捕獲mRNA,因?yàn)檎婧松飉RNA的3'端都有poly-A尾巴。然后將mRNA反轉(zhuǎn)錄為cDNA,再通過(guò)超聲或酶切等方法將cDNA片段化,片段大小通常在幾百個(gè)堿基對(duì)左右。之后在片段兩端連接上測(cè)序接頭,經(jīng)過(guò)PCR擴(kuò)增來(lái)增加文庫(kù)的量,使其達(dá)到可以上機(jī)測(cè)序的要求。
二代測(cè)序可以檢測(cè)基因嗎?
一代、二代、三代測(cè)序的區(qū)別分別是什么?
一代測(cè)序是上世紀(jì)70年代由Sanger和Coulson開創(chuàng)的DNA雙脫氧鏈終止法測(cè)序,也稱為Sanger測(cè)序。
二代測(cè)序技術(shù)(NGS)是為了改進(jìn)一代測(cè)序通量過(guò)低的問(wèn)題而出現(xiàn)的,能夠同時(shí)對(duì)上百萬(wàn)甚至數(shù)十億個(gè)DNA分子進(jìn)行測(cè)序?qū)崿F(xiàn)了大規(guī)模、高通量測(cè)序的目標(biāo)。
三代測(cè)序主要有兩種技術(shù)PacBio公司的SMRT和Oxford Nanopore 的納米孔單分子測(cè)序技術(shù),這兩種技術(shù)的測(cè)序讀長(zhǎng)都可以達(dá)到幾-kb的級(jí)別,遠(yuǎn)遠(yuǎn)高于二代測(cè)序技術(shù)。 二代測(cè)序廣泛應(yīng)用于醫(yī)學(xué)研發(fā)。吉林哪里有二代測(cè)序流程
擴(kuò)增子測(cè)序是二代測(cè)序嗎?重慶嘉安健達(dá)二代測(cè)序價(jià)格
什么樣本可以做二代測(cè)序?④
4、口腔樣本
口腔拭子:通過(guò)刮取口腔黏膜細(xì)胞來(lái)獲取樣本。口腔拭子采集方便、無(wú)創(chuàng),可用于DNA提取和基因檢測(cè)。例如,在法醫(yī)鑒定中,口腔拭子是常用的樣本來(lái)源,用于個(gè)體身份識(shí)別和親子關(guān)系鑒定等;在一些大規(guī)模的人群基因篩查項(xiàng)目中,也可以使用口腔拭子來(lái)收集樣本。
5、糞便樣本
糞便中含有腸道微生物、腸道上皮細(xì)胞等成分。對(duì)糞便樣本進(jìn)行宏基因組測(cè)序,可以研究腸道微生物群落的組成、功能和多樣性。例如,在腸道疾?。ㄈ缪装Y性腸病、結(jié)直腸*等)的研究中,分析糞便中微生物群落結(jié)構(gòu)的變化,以及微生物基因的表達(dá)情況,有助于了解疾病的發(fā)病機(jī)制和尋找潛在的生物標(biāo)志物。 重慶嘉安健達(dá)二代測(cè)序價(jià)格
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