二代測序的建庫步驟② 二、片段化處理 物理方法：超聲破碎是常用的物理片段化方法。它通過超聲波的高頻振動將核酸分子打斷成合適大小的片段。例如，在一些文庫構(gòu)建中，將DNA樣本置于超聲破碎儀中，通過調(diào)整超聲功率和時間，可以將DNA片段化到幾百堿基對（...

二代測序——甲基化的定義和概念 定義：甲基化（methylation）是指從活性甲基化合物（如S-腺苷基甲硫氨酸）上將甲基催化轉(zhuǎn)移到其他化合物的過程。在生物系統(tǒng)中，這是一種常見的化學(xué)修飾方式，主要涉及在DNA、RNA和蛋白質(zhì)等生物大分子上添加甲基基團(tuán)...

二代測序的建庫步驟⑤ 五、文庫富集（可選步驟） PCR富集：對于一些起始樣本量較少或者連接效率較低的情況，可能需要進(jìn)行PCR富集。利用與接頭序列互補(bǔ)的引物進(jìn)行PCR擴(kuò)增，增加文庫中目標(biāo)DNA片段的數(shù)量。在PCR反應(yīng)中，需要注意引物的設(shè)計要與接頭...

③二代測序一般多久出結(jié)果？ 3、測序深度和覆蓋度要求 測序深度是指每個堿基被測序的平均次數(shù)，覆蓋度是指測序獲得的堿基占整個基因組（或目標(biāo)區(qū)域）的比例。如果要求高測序深度和高覆蓋度，比如進(jìn)行**全基因組的深度測序（測序深度可能達(dá)到100X甚至更高...

④二代測序一般多久出結(jié)果？ 4、數(shù)據(jù)分析的復(fù)雜程度 數(shù)據(jù)分析是二代測序的重要環(huán)節(jié)。簡單的分析，如檢測已知的單核苷酸多態(tài)性（SNP），可以通過與參考基因組比對后利用一些成熟的軟件快速完成。但如果是進(jìn)行復(fù)雜的分析，如尋找新的基因融合事件、復(fù)雜結(jié)構(gòu)變...

二代測序的建庫步驟⑤ 五、文庫富集（可選步驟） PCR富集：對于一些起始樣本量較少或者連接效率較低的情況，可能需要進(jìn)行PCR富集。利用與接頭序列互補(bǔ)的引物進(jìn)行PCR擴(kuò)增，增加文庫中目標(biāo)DNA片段的數(shù)量。在PCR反應(yīng)中，需要注意引物的設(shè)計要與接頭...

二代測序——技術(shù)原理類問題 二代測序與一代測序的區(qū)別是什么：一代測序技術(shù)如Sanger測序，一次只能讀取一條DNA序列，通量低、速度慢、成本高，但準(zhǔn)確性高，適用于對少量基因片段的精確測序。而二代測序技術(shù)具有高通量、速度快、成本低等優(yōu)點，可以同時對大量...

二代測序技術(shù)在不同人群中的準(zhǔn)確性有何差異④ ***性疾病患者 優(yōu)勢：病原學(xué)二代測序可準(zhǔn)確檢測病原體的基因序**定病原體種類和基因型，為***性疾病的診斷和***提供依據(jù)，在檢測罕見病原體、病毒***等方面具有獨特優(yōu)勢，有助于快速明確診斷，尤其是...

二代測序——轉(zhuǎn)錄組測序的實驗流程（上） 樣本采集和 RNA 提取 樣本采集需要考慮研究目的和樣本類型。例如，研究**組織的轉(zhuǎn)錄組，就要準(zhǔn)確獲取**組織樣本，同時比較好有對應(yīng)的正常組織作為對照。RNA 提取方法有多種，常用的如 Trizol 法，...

二代測序—全外顯子測序的應(yīng)用領(lǐng)域 醫(yī)學(xué)領(lǐng)域：1、疾病診斷：用于診斷各種遺傳性疾病，包括單基因遺傳?。ㄈ缒倚岳w維化、杜氏肌營養(yǎng)不良等）和復(fù)雜疾?。ㄈ?*、心血管疾病等）。在**研究中，通過對**組織和正常組織進(jìn)行全外顯子測序，可以發(fā)現(xiàn)腫瘤細(xì)胞中的體細(xì)胞...

①二代測序一般多久出結(jié)果？ 二代測序（Next-GenerationSequencing，NGS）出結(jié)果的時間會受到多種因素的影響，一般在數(shù)天到數(shù)周不等。 1、樣本類型和質(zhì)量 不同的樣本類型處理時間不同。例如，血液樣本相對容易處理，提取D...

二代測序的應(yīng)用領(lǐng)域有哪些？ 基因組學(xué)研究：用于全基因組測序，快速獲取物種的基因組序列信息，研究基因組結(jié)構(gòu)、變異、進(jìn)化等；進(jìn)行全外顯子組測序，重點關(guān)注編碼蛋白質(zhì)的外顯子區(qū)域，發(fā)現(xiàn)與疾病相關(guān)的基因突變。 轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究：通過對轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行測序，可分析基...

什么樣本可以做二代測序？③ 細(xì)胞樣本 培養(yǎng)細(xì)胞：包括各種原代培養(yǎng)細(xì)胞和細(xì)胞系。在基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)研究中，對培養(yǎng)的細(xì)胞進(jìn)行測序可以了解細(xì)胞的基因特征和功能變化。例如，在研究細(xì)胞信號轉(zhuǎn)導(dǎo)通路時，對經(jīng)過特定刺激處理的培養(yǎng)細(xì)胞進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測序，以分析基因表達(dá)的上...

二代測序——基因組測序該測幾個G？ 1、人類全基因組測序 常規(guī)全基因組測序：一般建議測序深度為30X-50X，人類基因組大小約為3G，因此數(shù)據(jù)量通常在90G-150G左右。這樣的測序深度可以較為***地檢測到基因組中的各種變異，包括單核苷酸多態(tài)...

二代測序的建庫步驟③ 三、末端修復(fù)和加A尾（以DNA文庫為例） 末端修復(fù)：經(jīng)過片段化后的DNA末端可能是不平齊的，有5'-突出端或3'-突出端。末端修復(fù)反應(yīng)可以利用T4DNA聚合酶、Klenow片段等酶，將這些末端補(bǔ)平，使其成為平末端。T4DN...

二代測序——蛋白質(zhì)甲基化 概念及位置：蛋白質(zhì)甲基化是指在蛋白質(zhì)的氨基酸殘基上添加甲基基團(tuán)。常見的甲基化修飾位點包括精氨酸（Arg）和賴氨酸（Lys）殘基。 作用 1、調(diào)節(jié)蛋白質(zhì) - 蛋白質(zhì)相互作用：例如，組蛋白（染色體的組成成分）的甲基化...

二代測序——實驗流程類問題 二代測序的實驗流程包括哪些步驟：首先是樣本準(zhǔn)備，提取高質(zhì)量的DNA或RNA，并進(jìn)行片段化處理；然后進(jìn)行文庫構(gòu)建，在片段兩端連接特定接頭；接著進(jìn)行文庫質(zhì)量檢測和定量，合格的文庫上機(jī)測序；***對測序得到的原始數(shù)據(jù)進(jìn)行生物信息...

二代測序——轉(zhuǎn)錄組測序的實驗流程（下） 測序 根據(jù)研究需求和預(yù)算選擇合適的測序平臺，如 Illumina 測序平臺。它的測序原理主要是邊合成邊測序（SBS）。在測序過程中，dNTP（脫氧核糖核苷三磷酸）帶有不同顏色的熒光標(biāo)記，當(dāng)新的 dNTP ...

③二代測序一般多久出結(jié)果？ 3、測序深度和覆蓋度要求 測序深度是指每個堿基被測序的平均次數(shù)，覆蓋度是指測序獲得的堿基占整個基因組（或目標(biāo)區(qū)域）的比例。如果要求高測序深度和高覆蓋度，比如進(jìn)行**全基因組的深度測序（測序深度可能達(dá)到100X甚至更高...

什么樣本可以做二代測序？③ 細(xì)胞樣本 培養(yǎng)細(xì)胞：包括各種原代培養(yǎng)細(xì)胞和細(xì)胞系。在基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)研究中，對培養(yǎng)的細(xì)胞進(jìn)行測序可以了解細(xì)胞的基因特征和功能變化。例如，在研究細(xì)胞信號轉(zhuǎn)導(dǎo)通路時，對經(jīng)過特定刺激處理的培養(yǎng)細(xì)胞進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測序，以分析基因表達(dá)的上...

二代測序的建庫步驟② 二、片段化處理 物理方法：超聲破碎是常用的物理片段化方法。它通過超聲波的高頻振動將核酸分子打斷成合適大小的片段。例如，在一些文庫構(gòu)建中，將DNA樣本置于超聲破碎儀中，通過調(diào)整超聲功率和時間，可以將DNA片段化到幾百堿基對（...

二代測序——蛋白質(zhì)甲基化 概念及位置：蛋白質(zhì)甲基化是指在蛋白質(zhì)的氨基酸殘基上添加甲基基團(tuán)。常見的甲基化修飾位點包括精氨酸（Arg）和賴氨酸（Lys）殘基。 作用 1、調(diào)節(jié)蛋白質(zhì) - 蛋白質(zhì)相互作用：例如，組蛋白（染色體的組成成分）的甲基化...

二代測序的建庫步驟① 一、樣本準(zhǔn)備 樣本采集：根據(jù)研究目的采**適的樣本，如血液、組織、細(xì)胞等。例如，在**研究中，可能會采集**組織和對應(yīng)的正常組織。對于血液樣本，一般采用靜脈穿刺采集外周血，收集在含有抗凝劑（如EDTA）的**管中，以防止血...

一代、二代、三代測序的技術(shù)原理和技術(shù)特點分別是什么？ 技術(shù)原理： 一代—雙脫氧終止法 二代—橋式PCR+4色熒光可逆終止+激光掃描成像 三代—PacBio SMRT測序技術(shù) 技術(shù)特點： 一代—只能檢測序列一致的PCR產(chǎn)物...

什么樣本可以做二代測序？② 組織樣本 新鮮組織：如手術(shù)切除的**組織、活檢組織等。新鮮組織樣本中的細(xì)胞完整性較好，能夠提供高質(zhì)量的DNA和RNA。在**研究中，對新鮮**組織進(jìn)行全基因組測序、轉(zhuǎn)錄組測序等，可以深入了解**的基因突變、基因表達(dá)變...

什么樣本可以做二代測序？① 1、血液樣本 全血：這是最常見的樣本類型之一。血液中含有白細(xì)胞，其細(xì)胞核內(nèi)有完整的基因組DNA。通過提取白細(xì)胞中的DNA，可以進(jìn)行全基因組測序、全外顯子組測序等。例如，在遺傳病的基因診斷中，抽取患者的全血，提取DNA...

二代測序的建庫步驟① 一、樣本準(zhǔn)備 樣本采集：根據(jù)研究目的采**適的樣本，如血液、組織、細(xì)胞等。例如，在**研究中，可能會采集**組織和對應(yīng)的正常組織。對于血液樣本，一般采用靜脈穿刺采集外周血，收集在含有抗凝劑（如EDTA）的**管中，以防止血...

二代測序——技術(shù)原理類問題 二代測序與一代測序的區(qū)別是什么：一代測序技術(shù)如Sanger測序，一次只能讀取一條DNA序列，通量低、速度慢、成本高，但準(zhǔn)確性高，適用于對少量基因片段的精確測序。而二代測序技術(shù)具有高通量、速度快、成本低等優(yōu)點，可以同時對大量...

二代測序——基因組測序該測幾個G？② 人類全外顯子組測序 人類全外顯子組*占基因組的1%-2%，大小約為30M-60M左右，但通常需要較高的測序深度來確保外顯子區(qū)域的變異檢測準(zhǔn)確性，一般測序深度在100X-200X之間，數(shù)據(jù)量大約在3G-12G...

二代測序技術(shù)在不同人群中的準(zhǔn)確性有何差異① **患者 優(yōu)勢：對于**患者，二代測序技術(shù)準(zhǔn)確性相對較高，在**的診斷、***及監(jiān)測等方面應(yīng)用***。比如肺*患者，通過檢測**組織或血液中的基因突變，可準(zhǔn)確找到如EGFR、ALK等驅(qū)動基因突變，為靶...